• 太空及遙測研究中心（遙測科技碩士學位學程碩士班）
• 光電科學研究中心
• 環境研究中心
• 通訊系統研究中心
• 臺灣經濟發展研究中心
• 人文研究中心
• 數據分析方法研究中心
• 前瞻科技研究中心
• 聯合研究中心

聯合運作之研究中心：
軟體研究中心
災害防治研究中心
客家研究中心
學習科技研究中心
奈米科技研究中心
中子束應用研究中心
生物科技與生醫工程中心
全球定位科學與應用研究中心
新世代太陽能電池研究中心

• 紅學研究室
• 戲曲研究室
• 現代文學教研室
• 漢文佛典研究室
• 儒學研究中心
• 琦君研究室
• 性／別研究室
• 電影文化研究室
• 戲劇暨表演研究室
• 法語國家電影與文化研究室
• 應用倫理研究中心
• 兩岸發展史研究中心
• 視覺文化研究中心

• 複雜系統研究中心
• 數學與理論物理中心
• 薄膜技術研究中心
• 核磁共振研究中心

• 精密儀器中心
• 奈米觸媒研究中心
• 生物醫學工程中心
• 能源研究中心
• 界面科技研究中心
• 車輛行車事故鑑定研究中心
• 橋梁工程研究中心
• 永續環境科技研究中心

• 管理學院電算中心
• 企業資源規劃ERP中心

• 國科會地球科學研究推動中心
• 環境與能源研究中心(台灣聯大)