本系為使學生可依興趣、能力與志向，做多元的選擇與發展，特將課程分為三個學程：數學學程、機率統計學程和計算學程。

1. 數學學程：課程以理論數學為主，包括分析、代數、幾何，學生在此領域，可欣賞到數學的美及享受到研究數學的樂趣與解決問題的成就感，並將數學應用到各領域。
2. 機率統計學程：機率與統計學是研究隨機現象的學問，在自然科學、生命科學、管理科學、社會科學都扮演著舉足輕重角色。課程包括機率論、數理統計、應用機率及應用統計。
3. 計算學程：以數學的訓練來進入計算機科學是個正確的途徑。本系的計算實驗室有50台個人電腦、14台工作站，並以網路與世界各地連線。課程可分計算機科學、數值計算與離散數學三類。